La historia de Blue Seed 2 OVA tiene lugar después de la serie de TV.Susa-no-ho vuelve una vez mas para devastar la ciudad. La relacion entre Momiji y Kusanagi esta arruinada, el resto de la organización TAC esta luchando para volver a realizar proyectos juntos, para poder librarse de Susa-no-o. Una chica misteriosa, reclama ser un Aragami como Kusanagi, a causa del caos entre Momji y TAC. ¿Podrán estar preparados para trabajar juntos?