La acción de Canaan transcurre en la ciudad de Sanghai, donde la manipulación del grupo de "Las Serpientes" y otros eventos extraños provocan un caos general a escala mundial, en el cual sólo la habilidad de carácter sobrehumana desarrollada en su infancia por la protagonista, Canaan, le sirve para hacer frente a su alter-ego Alphard, la líder de Las Serpientes; aparte de a su enfrentamiento interno con su difícil pasado.