Nagomu Irino regresa a su hogar en Kioto por primera vez en diez años cuando su padre está hospitalizado. Nagomu está ansioso por hacerse cargo de Ryokushou, la tienda de dulces japonesa de la familia, pero en su lugar le piden que sea una figura paterna para Itsuka Yukihira, la chica que todos llama al sucesor.

En Tokyo ocurren asesinatos misteriosos cometidos por Ghouls, seres desconocidos que comen carne humana, un día Kaneki Ken un joven de 18 años que cursa la Universidad conoce a una chica en un restaurante y la invita a salir, pero luego se da cuenta que ella es un Ghoul y sufre un ataque de parte de ella, pero afortunadamente sobrevive y la muchacha muere; debido a sus heridas los médicos le hacen un transplante de riñon sin saber que la muchacha era una Ghoul y Kaneki termina convirtiéndose en un ser híbrido humano-ghoul y de ahora en adelante deberá vivir escondiéndose de los humanos.

Saito Hiraga y Louise Françoise Le Blanc de La Vallière pasan a la ofensiva después de los eventos de Zero no Tsukaima: Princesas no Rondo. Juntos, se enfrentan al rey José en la Ciudad Santa de Romalia con la ayuda de otros dos que controlan el poder del "vacío". Pero en medio de los muchos conflictos que se avecinan, un antiguo mal comienza a agitarse en las sombras. ¿Sus vínculos íntimos se convertirán en algo más o serán destrozados por la dificultad cada vez mayor de las tareas que deben realizar? Zero no Tsukaima F sigue la historia de Louise y Saito cuando enfrentan juntos sus desafíos finales.

Segunda película recopilatoria de Made in Abyss.