Un señor samurai ha regalado los órganos de su hijo recién nacido a cuarenta y ocho demonios a cambio del dominio en el campo de batalla. Sin embargo, el niño abandonado sobrevive gracias a un curandero que lo equipa con prótesis primitivas, letales con las que el hijo maltratado usará para cazar a la multitud de demonios para reclamar su cuerpo pieza por pieza, antes de enfrentarse a su padre. En sus viajes, el joven héroe se encuentra con un huérfano que dice ser el ladrón más grande de Japón.

Hace mucho tiempo, había un dios de la luz y un dios de la oscuridad. Mientras que los devotos del dios de la luz experimentaron felicidad y buena fortuna, el dios de la oscuridad jugaría bromas a las personas y les robaría la alegría. Y así, según cuenta la leyenda, el dios de la luz decidió castigarlo convirtiéndolo en un monstruo. Enfurecido por esto, el dios de la oscuridad ejerció su castigo como una maldición para infligir sufrimiento a los demás. Debido a sus acciones, fue desterrado al Exterior, donde él y sus monstruosos hijos permanecerán por toda la eternidad, mientras que los del Interior nunca deben entrar en contacto con alguien del Exterior, para que no sean maldecidos con una forma horrible. Una niña llamada Shiva, una Insider, es encontrada por un Forastero que ella conoce como Sensei. Aunque no pueden tocarse, Sensei se preocupa por Shiva lo mejor que puede, y juntos viven una vida moderadamente feliz. Pero pronto, Shiva no solo se encuentra en peligro desde el Exterior, sino también de su propia especie.

Senku es un joven extremadamente inteligente con un gran don para la ciencia y una ácida personalidad, y su mejor amigo es Taiju, que es muy buena persona pero más apto para usar los músculos que para pensar. Cuando tras cierto incidente toda la humanidad acaba convertida en piedra, ellos logran despertarse en un mundo miles de años después, con la civilización humana completamente desaparecida y con toda la humanidad congelada en piedra como ellos estuvieron. Ahora es su obligación rescatar a la gente y crear un nuevo mundo.