Hace mucho tiempo, Haruka Haruno conoció a un extraño muchacho llamado Kanata. Él le dio una extraña llave y ella le prometió que nunca renunciará a su sueño. Unos años más tarde, Haruka, ahora a la edad de 13 años, asiste a la Academia de Nobles, un internado para niñas y niños. Pero incluso ahora, ella conserva su sueño de convertirse en una princesa, como la de sus preciosos libros ilustrados. Un día, se encontró con dos pequeñas hadas del Reino Hope, Pafu y Aroma, quienes fueron perseguidas por extraños monstruos. Las hadas le dijeron que ellas fueron creadas por una bruja que convierte los sueños en desesperación y los encierra lejos, en la Puerta de la Desesperación. Sin otra opción, las hadas le dieron a Haruka un perfume Princess, con el cual ella podrá convertirse en Cure Flora, una Pretty Cure con el poder para oponerse a la bruja oscura. Con la ayuda de Minami Kaido (Cure Mermaid) y Kirara Amanogawa (Cure Twinkle), formarán el equipo Princess Pretty Cure con el fin de recolectar las Dress-Up Keys para abrir la Puerta de los Sueños y proteger los sueños de la gente de la desesperación.