Nagomu Irino regresa a su hogar en Kioto por primera vez en diez años cuando su padre está hospitalizado. Nagomu está ansioso por hacerse cargo de Ryokushou, la tienda de dulces japonesa de la familia, pero en su lugar le piden que sea una figura paterna para Itsuka Yukihira, la chica que todos llama al sucesor.

Zen Seizaki, fiscal de la Fiscalía del Distrito de Tokio, está investigando un caso de investigación clínica ilegal relacionada con una compañía farmacéutica y una universidad. Durante la investigación, encuentra un archivo que Shin Inaba, un anestesiólogo, guardaba, que incluye sangre mezclada con cabello, piel y un papel escrito con la letra F. Mientras investiga, se dio cuenta de que hay una trama oculta relacionada con una gran elección, así como a cierta persona que está a cargo de ella.

Una vez vivió un vampiro conocido como Vanitas, odiado por los de su propia especie por haber nacido bajo una luna llena azul, ya que la mayoría se levanta en la noche de una carmesí. Temeroso y solo, creó el "Libro de Vanitas", un grimorio maldito que un día se vengaría de todos los vampiros; así es al menos la historia. Vanitas no Carte sigue a Noé, un joven que viaja a bordo de un dirigible en el París del siglo XIX con un objetivo en mente: encontrar el Libro de Vanitas.

Ange Yuki, un chico que lucha con una soledad profundamente arraigada y no puede encajar. Sin nadie a quien llamar familia, deja su ciudad natal. Anhelando ver actuar a un artista que admira, se dirige a Harajuku, donde se encuentra con una batalla en vivo entre las unidades visual kei ECLIPSE y LOS † EDEN. Abrumado por la actuación enérgica, de repente es golpeado por un dolor intenso...

Durante el segundo año de Koyomi Araragi en la Escuela Secundaria Privada de Naoetsu, tiene un encuentro casual con Tsubasa Hanekawa, el mejor estudiante de honor de su clase. Cuando inician una conversación, Hanekawa menciona un rumor impactante: se ha visto a un vampiro con un hermoso cabello rubio y ojos helados merodeando por la ciudad. Feliz de haber hecho un nuevo amigo, Araragi anula el rumor y recorre el resto de su velada de manera despreocupada. Sin embargo, en su camino a casa, tropieza con salpicaduras de sangre que bajan las escaleras hacia el metro. Su curiosidad lo empuja a seguir investigando, por lo que sigue las piscinas horripilantes hacia las profundidades de la estación.

Waver Velvet, el joven que lucho codo con codo con Iskandar durante la Cuarta Guerra del Santo Grial de Fate/Zero. El tiempo ha pasado y ahora Waver, mas maduro, ha adoptado el nombre de Lord El-Melloi. Como El-Melloi II, enfrenta todo tipo de casos mágicos y misticos en la Torre del Reloj, la meca de todos los magos.