La acción empieza tras los dos años y medio que el protagonista, Naruto Uzumaki, ha pasado entrenando con su maestro Jiraiya. En ella reaparecen todos los personajes de la anterior serie pero con más experiencia y fuerza. Además, la Organización Akatsuki entra definitivamente en acción, tras su breve aparición en la parte anterior, y se revelan sus objetivos. El enemigo principal de la parte anterior de Naruto, Orochimaru, ha estado mientras tanto entrenando a Sasuke Uchiha, antiguo compañero de Naruto, que abandonó voluntariamente la aldea para ganar fuerza gracias a este personaje, y así poder tomar venganza contra su hermano, Itachi Uchiha.

En New Kyoto, una ciudad gobernada por el "Rey", el valor de uno está determinado por su fuerza en el juego de cartas coleccionables Build Divide. Los rumores se arremolinan sobre New Kyoto y su Rey. "Si derrotas al Rey en Build Divide, cualquier deseo se cumplirá". Y para desafiar al Rey, uno debe participar en la batalla TCG conocida como Rebuild, y la "Clave" debe completarse. Todos tienen un deseo que anhelan haber cumplido. Teruto Kurabe, un chico que jura acabar con el Rey, y Sakura Banka, la misteriosa chica que lo guía, se lanzan a la batalla de Reconstrucción.

La historia seguirá a cuatro niñas que buscan usar sus canciones para sanar y calmar a las personas de su mundo. El lema dice: "Canciones bondadosas y poderosas curan el mundo. Estos son hermosos milagros cantados por la humanidad".

La historia está protagonizada por Hatori Chise, una chica de 16 años que se encuentra sin familia y sin futuro. Sin embargo, un encuentro con un hombre con extraños poderes cambiará su vida para siempre. Dicho hombre es un magus, un hechicero de gran poder, que compra a Chise en un mercado de esclavos y la libera para convertirla tanto en su aprendiz, como en su esposa.

Kanna pierde las ganas de correr profesionalmente tras la muerte de su madre. Con la ayuda de un conejo de una oreja mensajero de los dioses, y de Yato, un joven Oni, empezará un viaje personal con tintes mágicos.

Tras rescatar a Last Order y recibir un disparo en la cabeza, el esper más poderoso de toda Ciudad Academia descansa en el hospital para recuperarse... aunque no por mucho tiempo, puesto que una misteriosa chica con una foto de su pequeña protegida aparece para pedirle ayuda. Cuando Accelerator descubre que Last Order esta en peligro, no tarda en ponerse en marcha de nuevo para protegerla a ella, la ciudad, ¡e incluso el mundo entero.