Kou Yamori parece un típico estudiante de secundaria en la superficie. Relativamente bueno en los estudios y amable con sus compañeros de clase, se esfuerza mucho en mantener esta fachada. Un día, sin embargo, decide dejar de fingir y deja la escuela, desarrollando insomnio como resultado de no tener una salida diurna para su energía. Cuando camina solo por la noche, se siente marginalmente mejor, aunque es consciente de que su incapacidad para dormir debe considerarse un problema grave.

Durante el segundo año de Koyomi Araragi en la Escuela Secundaria Privada de Naoetsu, tiene un encuentro casual con Tsubasa Hanekawa, el mejor estudiante de honor de su clase. Cuando inician una conversación, Hanekawa menciona un rumor impactante: se ha visto a un vampiro con un hermoso cabello rubio y ojos helados merodeando por la ciudad. Feliz de haber hecho un nuevo amigo, Araragi anula el rumor y recorre el resto de su velada de manera despreocupada. Sin embargo, en su camino a casa, tropieza con salpicaduras de sangre que bajan las escaleras hacia el metro. Su curiosidad lo empuja a seguir investigando, por lo que sigue las piscinas horripilantes hacia las profundidades de la estación.

En la casa de campo, la vida no podría ser mejor para los huérfanos. Aunque no tienen padres, junto con los otros niños y una "Mama" amable que los cuida, forman una gran familia feliz. Nunca se pasa por alto a ningún niño, especialmente porque todos son adoptados a la edad de 12 años. Sus vidas diarias incluyen pruebas rigurosas, pero luego se les permite jugar afuera

Zen Seizaki, fiscal de la Fiscalía del Distrito de Tokio, está investigando un caso de investigación clínica ilegal relacionada con una compañía farmacéutica y una universidad. Durante la investigación, encuentra un archivo que Shin Inaba, un anestesiólogo, guardaba, que incluye sangre mezclada con cabello, piel y un papel escrito con la letra F. Mientras investiga, se dio cuenta de que hay una trama oculta relacionada con una gran elección, así como a cierta persona que está a cargo de ella.

La academia Hachimitsu para chicas, es conocida por sus estándares académicos muy rigurosos. Pero este año, la academia permite que puedan ser admitidos chicos. Pero sólo 5 chicos logran entrar a la escuela, entre ellos Fujino Kiyoshi. Todos son optimistas y dicen que esta es una oportunidad en la vida de lograr acercarse finalmente a una chica, pero las cosas toman un giro diferente. Las chicas los ignoran totalmente.