Después de la muerte de sus padres, Shinpei Ajiro vivió con las hermanas Kofune, Mio y Ushio, pero desde entonces se mudó a vivir solo a Tokio. Pero después de que Ushio se ahoga mientras intenta salvar a la joven Shiori Kobayakawa, regresa a casa para llorar su partida. Sin embargo, los moretones alrededor del cuello de Ushio ponen en duda la causa de su muerte. Dando un paso atrás, Shinpei se convence de que debe haber otra explicación. Entidades peligrosas deambulan entre los isleños, y una visión del difunto Ushio le pide que "salve a Mio" como su pedido final. Está seguro de que algo está pasando, y la muerte de Ushio es solo una pieza del rompecabezas. Con la ayuda de Mio y varios otros, Shinpei lucha por forjar un futuro en el que él, sus amigos y su familia puedan seguir con vida. Pero cuanto más investiga, más imposible parece ese futuro. Esta oscuridad se infiltra en su isla natal. ¿Cuánto más sufrimiento tendrá que atravesar antes de encontrar el camino correcto para salvarlo todo?