Año 392 del nuevo calendario, Neo-Tokio. Un joven, Jiro Agino, roba un sistema de sincronización del tiempo y trata de escapar al pasado. Las autoridades lo persiguen y dañan su nave en la búsqueda, lo que le obliga a aterrizar en la actual Tokio. Decidido, irrumpe en una camioneta y conecta el dispositivo. Con imprudencia temeraria secuestra a Nobucho, Shinichi, Teko y su profesor, Hokubei.Debido a su resistencia inicial, aterrizan forzosamente en el Tokio del 9 de marzo de 1945, durante la campaña de bombardeos de Estados Unidos. Escapando de nuevo al pasado el grupo llega finalmente al siglo 16, durante el "Periodo de gerras de los estados beliguerantes". Allí, el futuro y el pasado chocan como las facciones de la época y Jiro busca alterar su pasado durante un momento crucial en Honnoji.